Backupには大きく分けるとSystemBackupとFileBackupがありますが、僕はSystemBackupはほとんどしていません。使い込んでいると、いろいろ不具合も出てくるので、前の環境に戻したいと思うことはほとんどないからです。それよりもクリーンインストールし直して気持ちよく使い始めたいときがほとんどです。
なので、BackupはFileBackupを基本に行っています。バグってうまくリカバリーできないってこともないですしね。
そのときいつも使っているのがGoodsyncです。Synctoyとかrobocopyも試しましたが、かゆいところまで手が届くGoodsyncを使っています。
画面もこんな感じで、直感的に操作できます。サービスとしてスケジュールもくめるし、履歴や差分保存もできます。何より変な挙動なくちゃんと動いてくれます。
僕はこれでnotePC←→NAS←→Desktopとして同期しているので、同じデータが違うシステム上で3個ある感じにしています。NASはRaidも組んで、外部のHDDにもバックアップしています。
最近でしたら、NASの部分をクラウドストレージにしてもいいかもですね。転ばぬ先の杖で、自動化しておくとバックアップし忘れるってこともなくていいと思います。